En surface, la station Hydre possède plusieurs bâtiments. On dénombre les cages, les vestiaires, la salle d'opération et un dernier bâtiment qui pourrait contenir les machines alimentant la station sous marine en oxygène et en électricité.

La partie sous-marine comprend de nombreuses pièces dont au moins une dédiée à l'étude de la vie aquatique et une autre à la surveillance du complexe. Il existe au moins deux sas permettant d'avoir accès à l'extérieur.